La Contraloría General del Estado identificó a Carlos Baca Mancheno, el actual fiscal general del Estado, a Pablo Romero Quezada, exsecretario nacional de inteligencia (Senain) entre otros funcionarios, como autores del presunto delito de peculado. Lo estableció en un informe del 23 de diciembre de 2016 que fue dirigido por el Contralor Subrogante, Daniel Fernández de Córdova, al entonces fiscal general Galo Chiriboga Zambrano, por una serie de irregularidades en la entrega de sueldos y pagos realizados por la comisión que se encargó de la investigación de la revuelta policial del 30 de Septiembre de 2010 (30-S).
La existencia de este examen no fue obstáculo para que el Consejo de Participación Ciudadana (CPCCS) y la Asamblea Nacional del Ecuador, posesionaran a Baca como el nuevo fiscal general de la nación, el 11 de mayo de 2017, y para que él, en conocimiento del citado informe tomara juramento del cargo. El caso se ha mantenido en silencio e inacción desde hace más de un año por parte del exfiscal Galo Chiriboga Zambrano y del propio señalado, Carlos Baca.
La Comisión 30-S (C30s), creada por Rafael Correa Delgado, en junio de 2013, para investigar los hechos del 30 de septiembre, fue dirigida por Carlos Baca Mancheno junto a Oscar Bonilla Soria, ex subsecretario de la política y Diego Guzmán Espinosa, que en la actualidad lidera a la empresa estatal Seguros Sucre y es familiar de Richard Espinosa, ex director del Instituto Ecuatoriano de Seguridad Social (Iess).
El informe de la Comisión 30-S fue clave para judicializar a decenas de ciudadanos acusados de haber participado en un supuesto golpe de estado blando, intento de magnicidio y secuestro del expresidente Rafael Correa Delgado, en la revuelta policial del 30 de septiembre.
El examen de contraloría estableció que CATO, OBAN y WALDO, los sobrenombres que usaron Carlos Baca Mancheno, Oscar Bonilla Soria y Diego Guzmán Espinosa, recibieron sueldos indebidos y solicitaron pagos no justificados a nombre de la C30s por un valor parcial de $84.285 dólares, aunque el informe de Contraloría establece un monto total de $206.889. Esta información es parte de un examen especial reservado con indicios de responsabilidad penal a la Secretaría de Inteligencia que la Contraloría General del Estado envió al ex fiscal General Galo Chiriboga el 23 de diciembre de 2016.
El informe establece que Baca, Bonilla y Guzmán recibieron $5.500,00 cada uno por concepto de sueldos correspondiente al mes de febrero de 2014, pese a que el decreto ejecutivo 22, emitido por Rafael Correa, estableció que los miembros de la mencionada comisión ejercerían el cargo de manera gratuita.
En 2016, contraloría hizo un análisis a los fondos públicos permanentes de gastos especiales de la Secretaría Nacional de Inteligencia (Senain) y examinó las cifras presentadas por el ex secretario Pablo Romero Quezada, entre el 1 de septiembre de 2013 y el 10 de marzo de 2014.
El informe concluyó que hubo gastos que no fueron debidamente justificados, que se pagó sueldos a personas que no tenían ninguna relación laboral con la institución, que en muchos casos la información suministrada no es real porque se pagó a personas que no constaban en el Registro Civil.
La contraloría señaló que el 4 de septiembre de 2013, se pagó $14.435,50, por concepto de honorarios a varias personas. Estos pagos nunca fueron justificados y a quiénes se les entregó el dinero no formaban parte de la comisión del 30-S. Daniel Fernández de Córdova, contralor subrogante que firmó el examen destaca varios casos, por ejemplo:
El 4 de septiembre de 2013 se pagó $1.800,00 por la factura 746, emitida por la empresa GIGatech para el alquiler de un vehículo, el dinero fue retirado por Eduardo Gallegos Enalieva quien no consta en el Registro Civil.
El 13 de septiembre de 2013, Carlos Baca Mancheno, presidente de la Comisión 30-S, solicitó el pago de $1.411,80 a favor de Ángel Gabriel Tapia Lomas. La contraloría asegura que esta persona no consta en el Registro Civil y que Baca Mancheno no evidenció cuál era la relación laboral existente entre Tapia y la Comisión 30-S. Cuatro días después se pagó $10.240,39 por gastos operativos sin explicar la razón de esos gastos. Contraloría dijo que al tratarse de una comisión de investigación no requiere de acciones propias de agentes de seguimiento como uso de combustible, peajes, alimentos en restaurantes, alquileres de vehículos, adicionalmente la compañía GiGatech presentó la factura 772 por $3.300,00 por alquiler de vehículos, a pesar de que su razón social dice que se dedica a otra cosa, por lo que, según contraloría, no estuvo facultada para prestar el servicio de alquiler de vehículos.
El 19 de septiembre de 2013, Carlos Baca Mancheno solicitó se le haga dos pagos a una productora representada por Daniel Tapia Daza por $3.000,00 y $30.000,00 respectivamente, por concepto de procesamiento y facilitación de material audiovisual. Contraloría señaló que Tapia se dedicaba a la entrega de material noticiero, fotográfico y periodístico a los medios de difusión, con el pago mensual de una cuota de 3,96, por lo tanto su actividad es el servicio de mensajería, razón por la que no estaría en posibilidad de efectuar el trabajo cancelado.
El 29 de octubre de 2013 se pagó $1.248,83 a personas que no tenían ninguna relación con la comisión sin que exista documentación que justifique el pago: no hay informe sobre las labores cumplidas por estas personas. El 18 de diciembre de 2013, nuevamente se emiten pagos por $2.965,06 a personas que no tenían vinculación laboral con la C30s.
El 24 de enero de 2014, se realizó el pago de $2.954,25 por digitalización de archivos sin que se justifiquen esos pagos. El servició lo prestó la empresa Entrepreneur Inc., sin embargo, el pago se hizo a la empresa Total Tek como señala la factura 10231 presentada por esta compañía por venta de equipos informáticos, lo cual no tiene relación con el concepto de egreso, dice la Contraloría.
Contraloría señala que el 28 de febrero de 2014, mediante solicitud de fondos N° 231 y el 7 de marzo de 2014, mediante solicitud 007, se efectuó el pago de $16.500,00 a los miembros de la Comisión 30s, por concepto de sueldos correspondientes al mes de febrero de 2014, con un monto de $5.500,00 para cada uno. Los beneficiarios fueron WALDO, OBAN y CATO, seudónimos que corresponden a Carlos Baca, Oscar Bonilla y Diego Guzmán; hecho que se contrapone al decreto ejecutivo 22, emitido por Rafael Correa en junio de 2013, que establece que los miembros de la Comisión 30-S ejercerán el cargo de manera gratuita. Dice contraloría: habiéndose provocado por parte del Secretario de Inteligencia una disposición arbitraria de fondos provenientes de gastos especiales al autorizar el pago de los sueldos para los miembros de la Comisión 30-S.
El 24 de octubre y 5 de diciembre de 2014, la contraloría solicitó a Carlos Baca Mancheno, presidente de la comisión, justificar las observaciones encontradas, este respondió que la C30s no manejó gastos especiales, así como tampoco solicitó ni recibió la asignación de fondos de gastos especiales, y menos dispuso de gasto o pago con recursos de esa naturaleza-ni de ninguna otra- correspondientes a la Secretaría de Inteligencia.
La Contraloría en su informe concluye que no corresponde la afirmación de los miembros de esa comisión ya que fueron beneficiarios del pago injustificado de los sueldos del mes de febrero de 2014 por sus actividades desempeñadas en la Comisión. El organismo de control señala directamente a Carlos Baca Mancheno de ser la persona que solicitó valores a la Secretaría de Inteligencia para efectuar varios pagos, en los que no adjuntó la documentación de sustento de dicho requerimiento.
La contraloría dijo que la C30s no formaba parte del Sistema Nacional de Inteligencia razón por la que no correspondía la asignación de gastos especiales.
Baca aseguró que los gastos para financiar las actividades de la comisión estuvieron a cargo de la Secretaría, señaló además que los documentos de respaldo de los pagos efectuados debían ser requeridos a la Secretaría de Inteligencia pues esta era la autoridad autorizada del gasto.
El informe de Contraloría -además de los gastos de la comisión- analizó las operaciones Caminito, Primavera, Troyano y Goliat efectuadas por la Senain. Caminito por ejemplo fue un proyecto de identificación de vulnerabilidades de las altas autoridades del país y de seguridad electrónica de las instituciones del Estado (en realidad creían que hackers harían daño a la infraestructura tecnológica del Estado). Contraloría determinó que se realizó un pago a un ciudadano español, Eduard Soler, por $41.500 por concepto de compra de información. Los pagos se realizaron en Montevideo, Uruguay pero resultó que Soler no existe y ello fue certificado por la embajada de España. Es posible establecer que el pasaporte que sirvió como identificación de la persona que recibió el dinero en calidad de infórmate no es real y por lo tanto no existe la certeza de que el monto entregado a cambio de la información de carácter secreta que motivó la realización de la operación Caminito tenga el debido sustento considerando que no se ha evidenciado resultados.
El proyecto Troyano implicó un seguimiento exhaustivo de Francisco Latorre Salazar, amigo personal de Rafael Correa que relacionado con personas vinculadas al narcotráfico. El proyecto Primavera implicó la supuesta capacitación de funcionarios de la Senain con polígrafos, pero se identificaron gastos fuera de ese rubro.
La llamada operación Goliat se relacionó a gastos del caso Chevron: compra de información sobre supuestas amenazas contra la Secretaría de Inteligencia, pero se identificó que se trató de versiones que no condujeron a ningún resultado no se identificaron amenazas.